از آنجا كه استخر مورد استفاده عموم قرار ميگيرد، براي پيشگيري از رشد قارچها، عفونتها و ميكروبها در آب، اين مكان بايد كاملا ضدعفوني شود. به همين دليل از ماده ضدعفونيكننده كلر در استخرها استفاده ميشود، ضمن آنكه هفتهاي 2 بار آب استخر تعويض ميشود. كلر استخر در افراد عادي مشكلي ايجاد نميكند ولي در برخي كودكان يا بزرگسالان كه زمينه حساسيت دارند ممكن است عفونت و قرمزي چشم را بهدنبال داشته باشد. باكتريهاي موجود در آب ميتوانند قرنيه را ملتهب كرده و چشم كودك را قرمز و متورم كنند. در اين شرايط كودك حتما بايد به چشم پزشك مراجعه كرده و تا درمان كامل از استخر استفاده نكند. در برخي ديگر از كودكان نيز ممكن است در بازگشت از استخر سرفههاي حساسيتي، خارش گلو و درصورت داشتن آسم شروع علائم آن بعد از استفاده از استخر بهوجود آيد. بنابراين به كودكاني كه چنين مشكلاتي دارند توصيه ميشود با احتياط از استخرها استفاده كنند.